Jūrų skautijos garbę gina, narių nusižengimams ideologijai, tvarkai ir drausmei nagrinėja Etikos komisija, visuotinio susirinkimo metu renkama 2 metų kadencijai.
2020 - 2022 m. Etikos komisija:
s. gint. Neringa Malkevičienė
s. gint. Evelina Prunskienė
s. gint. Rasa Bieliūnaitė
2020 - 2022 m. Kontrolės komisija:
s. Joana Uzelman
br. Deividas Paulauskas
br. Tautvydas Jančis
Kontrolės komisija tikrina ūkinę ir finansinę jūrų skautijos veiklą, atskaitomybę ir kitus buhalterinės – finansinės veiklos dokumentus. Ši komisija taip pat renkama 2 metų kadencijai visuotinio Suvažiavimo metu.