Jūrų skautijos garbę gina, narių nusižengimams ideologijai, tvarkai ir drausmei nagrinėja Etikos komisija, visuotinio susirinkimo metu renkama 2 metų kadencijai.
2016 – 2018 m. Etikos komisiją sudaro:
pirmininkė s. j. jn. Jurgita Vingilienė
br. pat. j. sk. Dainius Prunskus
s. gint. Neringa Malkevičienė
Kontrolės komisija tikrina ūkinę ir finansinę jūrų skautijos veiklą, atskaitomybę ir kitus buhalterinės – finansinės veiklos dokumentus. Ši komisija taip pat renkama 2 metų kadencijai visuotinio suvažiavimo metu.
2016 – 2018 m. Kontrolės komisiją sudaro:
pirmininkė s. gint. Viktorija Stūronaitė
s. gint. Milda Mockevičiūtė
br. pat. j. sk. Aidas Balčaitis