Jūrų skautijos garbę gina, narių nusižengimams ideologijai, tvarkai ir drausmei nagrinėja Etikos komisija, visuotinio susirinkimo metu renkama 2 metų kadencijai.
2020 - 2022 m. Etikos komisija:
s. gint. Evelina Prunskienė
s. gint. Rasa Bieliūnaitė
Atsistatydinus s. Neringai, jos vietą nuo 2021 m. užimė s. pat. j. sk. Erika Kilikevičienė
2020 - 2022 m. Kontrolės komisija:
s. Joana Uzelman
br. Deividas Paulauskas
Atsistatydinus br. Tautvydui, jo vietą nuo 2021 m. užimė s. Sada Bukšnienė
Kontrolės komisija tikrina ūkinę ir finansinę jūrų skautijos veiklą, atskaitomybę ir kitus buhalterinės – finansinės veiklos dokumentus. Ši komisija taip pat renkama 2 metų kadencijai visuotinio Suvažiavimo metu.