Jūrų skautijos garbę gina, narių nusižengimams ideologijai, tvarkai ir drausmei nagrinėja Etikos komisija, visuotinio susirinkimo metu renkama 2 metų kadencijai.
2020 – 2021 m. Etikos komisiją sudaro:
s. pat. sk. Giedrė Adomaitytė
s. ūdr. Virginija Petraitienė
s. gint. Neringa Malkevičienė
Kontrolės komisija tikrina ūkinę ir finansinę jūrų skautijos veiklą, atskaitomybę ir kitus buhalterinės – finansinės veiklos dokumentus. Ši komisija taip pat renkama 2 metų kadencijai visuotinio Suvažiavimo metu.
2018 – 2020 m. Kontrolės komisiją sudaro:
s. pat. sk. Sonata Dubauskaitė
s. gint. Milda Mockevičiūtė
br. Deividas Paulauskas