Jūrų skautijos garbę gina, narių nusižengimams ideologijai, tvarkai ir drausmei nagrinėja Etikos komisija, visuotinio susirinkimo metu renkama 2 metų kadencijai.
2017 – 2019 m. Etikos komisiją sudaro:
Pirmininkė s. j. jn. Jurgita Vingilienė
br. budys Dainius Prunskus
s. gint. Neringa Malkevičienė
Kontrolės komisija tikrina ūkinę ir finansinę jūrų skautijos veiklą, atskaitomybę ir kitus buhalterinės – finansinės veiklos dokumentus. Ši komisija taip pat renkama 2 metų kadencijai visuotinio Suvažiavimo metu.
2018 – 2020 m. Kontrolės komisiją sudaro:
br. budys Žydrūnas Mozūraitis
s. gint. Milda Mockevičiūtė
br. Deividas Paulauskas